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Dopo il giudizio positivo del cavaliere di Kéralio il 22 settembre 1784 il suo successore, l'ispettore militare Reynaud des Monts gli concesse l'ammissione alla Regia Scuola Militare di Parigi, fondata da Luigi XV su consiglio di Madame de Pompadour, dove giunse nella sera del successivo 21 ottobre, partito giorni prima il 17.
Nel 1785 tentò di passare in Marina, ma in seguito all'annullamento degli esami d'ammissione di quell'anno, passò in artiglieria, desideroso di abbandonare gli studi al più presto e dedicarsi alla carriera militare. Alloggiava in una mansarda. Fra i suoi insegnanti figurava Gaspard Monge, creatore della geometria descrittiva.
Ottenne quindi la nomina a sottoluogotenente a soli 16 anni e fu distaccato, il 1º settembre 1785, presso un reggimento d'artiglieria di stanza a La Fère, come sottoluogotenente, per assumere la luogotenenza, pochi mesi dopo, presso un reggimento di stanza a Valence, nel sud-est della Francia.
In quei tempi si innamorò prima di Caroline, figlia di Anna du Colombier ed in seguito di Luoise-Marie-Adelaide de Saint-Germain, in entrambi i casi venne rifiutato.
La sua prima relazione fu con una prostituta.
Nel 1787 tornò a Parigi, poi viaggiò in Corsica e infine raggiunse il reggimento ad Auxonne.
Frattanto il giovane Napoleone continuava a detestare segretamente la Francia ed i francesi ed a coltivare la causa dell'indipendenza della Corsica, come testimoniato significativamente da un suo scritto del 1787:
« Francesi, non paghi di averci portato via tutto ciò che ci era caro, avete anche corrotto i nostri costumi.
La situazione attuale della mia patria, e l'impossibilità di mutarla, sono dunque un nuovo motivo per fuggire una terra in cui sono obbligato per dovere, a lodare uomini che per virtù dovrei invece odiare. Quando arriverò nella mia terra, che atteggiamento adottare, che linguaggio tenere? Quando la patria non è più, un buon patriota deve morire. »
(Napoleone Bonaparte, 1787)
Allo scoppio della rivoluzione nel 1789, Napoleone, ventenne e ormai ufficiale del re Luigi XVI, riuscì ad ottenere una lunga licenza grazie alla quale poté riparare al sicuro in Corsica.
Una volta stabilitosi qui si unì al movimento rivoluzionario dell'isola assumendo il grado di tenente colonnello della Guardia Nazionale.
Nel 1791 si innamorò di Manesca Pillet ma venne rifiutato, e dopo essere stato per alcuni mesi a Auxonne il 1 giugno venne inviato nel 4º reggimento d'artiglieria a Valence con il grado di primo luogotenente.
Nel gennaio del 1792 si candida come tenente colonnello e venne eletto, con alcuni dubbi, il 28 marzo, in seguito verrà momentaneamente retrocesso al rango di capitano.
Per i suoi continui viaggi in Corsica, superando il tempo concessogli per la licenza militare, rischiò di essere considerato disertore, preoccupato ritornò a Parigi nello stesso anno.
Nel frattempo in Corsica infuriava la guerra civile scoppiata appunto nel 1793. Già dal 1792 gli eccessi rivoluzionari e l'instaurazione del "Terrore" avevano spinto l'eroe nazionale dell'indipendenza corsa, Pasquale Paoli (che era rientrato trionfalmente nel suo Paese nel 1790, dopo il lungo esilio impostogli dai Re di Francia), a prendere le distanze da Parigi e a riprendere la lotta per l'indipendenza della Corsica. Accusato di tradimento e inseguito da un mandato di arresto emesso dalla Convenzione nazionale il 2 aprile 1792, Paoli ruppe gli indugi il 17 aprile, appellandosi direttamente a tutta la popolazione còrsa affinché difendesse la propria patria e i propri diritti. La famiglia Buonaparte, che pure aveva sostenuto Paoli al tempo della rivolta contro Genova e poi contro le Armate di Luigi XV (il padre Carlo e forse anche la madre parteciparono accanto a Paoli alla battaglia di Ponte Nuovo contro i francesi), scelse però la causa francese.
Nel febbraio 1793 comandò i 350 uomini dell'11º battaglione verso l'isola della Maddalena, il 22 febbraio sbarcò a Santo Stefano, l'attacco non riuscì in quanto mancò l'appoggio previsto della corvetta Fauvette.
Napoleone fuggì rapidamente ad Ajaccio e di lì riparò con l'intera famiglia, accusata di tradimento, a Tolone. Il 12 settembre 1793 giunse al quartier generale di Cartaux. In sei settimane riorganizzò le forze per l'assedio alla città, preparò 100 pezzi di grosso calibro e raccolse vari ufficiali competenti. Con l'appoggio di Gasparin, uno dei tre commissari a Tolone, riuscì ad avere il controllo dell'artiglieria d'assedio, intanto divenne capo di battaglione, il 19 ottobre.
A Cartaux successe Doppet e poi il capace generale Jacques François Dugommier, conobbe Andoche Junot che poi farà governatore di Parigi, il 1 dicembre viene nominato dal generale Dugommier aiutante generale. Riuscì a conquistare il forte dell'Eguillette, chiamato la piccola Gibilterra, e dopo gli altri forti nel dicembre 1793, liberò il porto di Tolone dai monarchici e dalle truppe inglesi che li appoggiavano; fu il suo primo clamoroso e avventuroso successo militare, che gli valse la nomina a generale di brigata il 22 dicembre e l'attenzione del futuro membro del Direttorio Paul Barras, che lo aiuterà poi nella successiva scalata al potere.
La sua amicizia con Augustin Robespierre, fratello di Maximilien, prima lo liberò dagli arresti in casa cui era stato costretto nel 1794 poi lo fece cadere in disgrazia all'indomani del 9 termidoro e la conseguente fine del Terrore. Venne arrestato con le accuse di spionaggio e poi liberato.
Le sue avventure galanti lo portano a sedurre Louise Gauthier, moglie di un deputato e a fidanzarsi, il 21 aprile 1795 con Désirée Clary.
Tuttavia la fortuna gli arrise quando il 13 vendemmiaio (5 ottobre 1795) Barras lo nominò, all'improvviso, comandante della piazza di Parigi, con l'incarico di salvare la Convenzione nazionale dalla minaccia dei monarchici (realisti). Con l'aiuto di Gioacchino Murat al comando della cavalleria, Napoleone colpì spietatamente i rivoltosi scongiurando un nuovo colpo di Stato. In seguito al brillante successo, Barras lo nominò generale del Corpo d'armata dell'Interno.