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A 5 anni venne iscritto in un asilo d'infanzia, studiò con l'abate Recco per quattro anni, nei quali ricevette educazione anche dallo zio, l'arcidiacono Luciano.
Fu grazie al titolo nobiliare ottenuto in Toscana che il padre Carlo poté iscriversi al Libro della nobiltà di Corsica, istituito dai francesi per consolidare la conquista dell'isola e, solo grazie a tale iscrizione, all'età di appena nove anni, il giovane Napoleone fu ammesso il 23 aprile 1779, sempre per iniziativa del padre, alla Scuola reale di Brienne-le-Château, nel nord della Francia, dove rimase fino al 17 ottobre 1784 (alcuni storici, erroneamente, ritengono fino al 30 ottobre dello stesso anno).
Per migliorare il suo francese e prepararsi alla scuola, prima frequentò per quattro mesi il collegio di Autun, i suoi studi furono finanziati grazie ad una borsa di studio di duemila franchi.
Napoleone inizialmente non si considerava francese e si sentiva a disagio in un ambiente dove i suoi compagni di corso erano in massima parte provenienti dalle file dell'alta aristocrazia transalpina, e lo prendevano crudelmente in giro motteggiando il suo nome come "la paille au nez = la paglia per il naso" (l'accusa di essere straniero l'avrebbe perseguitato per tutta la vita).
Qui strinse amicizia con Louis-Antoine Fauvelet de Bourrienne, suo futuro biografo, e nel frattempo il giovane Napoleone si dedicò con costanza agli studi, riuscendo particolarmente bene in matematica.
Seguì le idee ateiste del collegio, e lui stesso narrò che ad 11 anni la sua fede vacillò
Durante gli studi a Brienne, Napoleone si lamenta della situazione economica in cui versa. Già si riscontra una ferma consapevolezza delle proprie qualità intellettuali, non priva di un certo disprezzo per gli altri compagni, che viene qui fieramente rivendicata persino con amarezza. Trovandosi per la prima volta lontano dalla famiglia, a pensargli non sembra tanto la mancanza di mezzi in quanto tale, bensì la derisione di cui è fatto oggetto e il conseguente senso d'inferiorità sociale. Uno stato d'animo che forse rinfocolerà ancor di più il desiderio di rivalsa del giovane e brillante allievo.
Al padre Carlo Maria Bonaparte
Brienne, 6 aprile 1783
Padre mio, se voi o i miei protettori non mi darete i mezzi per sostenermi più onorevolmente, richiamatemi presso di voi: sono stufo di mostrare la mia indigenza e di vederne sorridere certi alunni insolenti, che più di me hanno solo la loro fortuna, perché non ce n'è uno che non sia mille spanne inferiore ai nobili sentimenti che mi animano!
Eh! Sì Signore, vostro figlio continuerà ad essere lo zimbello di certi nobili cafoni che, fieri del piacere che si procurano, m'insultano ridendo delle privazioni di cui soffro!
No, padre mio, no, se la fortuna si rifiuta ostinatamente di migliorare la mia sorte, strappatemi da Brienne. piuttosto, se necessario, mandatemi in un'officina, che io veda degli eguali attorno a me: saprò ben presto essere superiore a loro! Da queste proposte giudicate la mia disperazione; ma, lo ripeto, preferisco essere il primo di una fabbrica che l'artista disdegnato di un'accademia.
Questa lettera, credetelo, non è dettata dal vano desiderio di abbandonarmi a divertimenti dispendiosi, non ne sono affatto attirato. Provo soltanto il bisogno di mostrare che posseggo i mezzi per procurarmeli al pari dei miei compagni.
Napoleone Bonaparte